旅途的开始
在玲的房间里，一男一女正在焦急地等待着。
切莲：玲，荒木博士说要给我们的口袋妖怪已经送过来了吧?贝鲁怎么还不来啊。
切莲显得非常焦急，看来是想尽早地拿到属于自己的口袋妖怪。
这时，一个戴帽子的女孩从楼梯口走了过来。
贝鲁：啊，对不起，我又迟到了……
切莲：贝鲁……我说你啊，10年前我就知道你总是这么慢慢悠悠的了，不过今天是选择我们的口袋妖怪的重要日子不是么?这么重要的事就不要迟到了。
贝鲁：是是，对不起。那么，口袋妖怪们在哪呢?既然做为礼物送到玲的家里了，那就由玲先选吧。
切莲：恩，我也同意，口袋妖怪们就在那个礼物盒里呆着呢，玲快去选吧。
玲来到礼物盒前，里面有着三只小精灵，水、火、草三系各一只。不知为何，玲在看到水系的那只小精灵后，就立即被它那忧郁的眼神和脸上的麻子迷倒了，这或许就是冥冥中的注定吧，于是玲毫不犹豫地选择了水系的那只小精灵。
接着，贝鲁和切莲也各自选择了小精灵。
贝鲁：既然选好口袋妖怪了，那么玲，我们赶快来对战看看吧。
切莲：喂喂，这里是玲的家啊，对战起来不太妙吧。
贝鲁：不要紧的啊，现在的怪兽还很弱不是吗，不会有什么影响的。何况不让他们战斗他们是不会成长的。所以说啊玲，我们快开始对战吧!
贝鲁选择的是火系的小猪，一场简单的肉搏战过后，玲打赢了贝鲁，不过房间也因此变得一团糟。
贝鲁：啊，玲好厉害啊，我有预感你一定会成为厉害的训练员的。
切莲：喂……贝鲁，你好好看看你的四周。
贝鲁往四周看了看，玲的房间已经变得一团糟了。
贝鲁：啊……怎么会这样，口袋妖怪们明明这么小，居然这么厉害，能和它们相遇真是太好了。不过……对不起了，玲……
切莲：哎……真是拿你没办法啊。好了，得快点给受伤的小精灵们回复体力才行。
切莲帮她们把小精灵的体力回复了。
贝鲁：对了!切莲你也和玲对战看看嘛!如果你的话，肯定会比我做的更好的。
切莲：那当然，凭我这么丰富的口袋妖怪知识，肯定能做好的。既然房间已经这样了，不能只让你们两个人开心啊，所以，玲，我们也来一场胜负吧。
切莲选择的是草系，又是一场肉搏战，打赢后，切莲和贝鲁就去向玲的妈妈道歉了。
不过玲的母亲很温柔，在确认了他们本人没有受伤后，就让他们去向荒木博士道谢了。
随后，玲三人便来到了荒木博士那向她道谢。荒木博士便把完成图鉴的任务交给了三人，在教会了他们捕捉小精灵的方法后便来到了卡拉库萨镇。玲三人也来到卡拉库萨镇后，发现广场上聚了很多人。
只见广场上有很多穿着蓝色制服的人，当中站着一个绿色头发的男子。那男人对着众人说道：
我的名字是亥切斯，普拉兹姆团的一员。今天要跟大家说的是关于小精灵解放的事。
“咦?什么?”人群中爆发出一阵不理解的喊声。
亥切斯：我们人类和小精灵们一直都在一起生活，是互相帮助的伙伴。很多人都是这么想的吧。但是，事情真的是这样的吗?这样想的其实只有我们人类自己而已……训练员们随意命令着小精灵们做各种事情，你们敢确定小精灵他们没有过抱怨吗?
听了这一番话，人群里又议论开了。
亥切斯：这样下去好吗?小精灵们是拥有很多我们人类所不知道的秘密和可能性的生物，也有很多我们值得学习的地方。对于这样的小精灵，我们人类该做的事是什么呢?
“是什么?释放它们?”
亥切斯：没错!我们应该释放小精灵们!只有这样子我们人类和它们才从一开始才是平等的。该怎么做才是合适的，请大家好好考虑考虑吧。我要说的话就是这些了。
说完，普拉兹姆团的人便都走了。人群也渐渐散开。
这时，一个戴帽子的神秘男人来到玲的面前。
???：你的小精灵，刚才说话了呢。
切莲：你还真是会胡说八道啊。小精灵会说话?
???：恩，是说了。对了，忘了你们是听不到的啊……真是可怜。我的名字叫N。
切莲：我叫切莲，这个是玲。正在完成小精灵图鉴的旅途中。不过，我本来的最终目标是要成为冠军的。
N：小精灵图鉴吗……那要把多少只小精灵关进精灵球才行啊……这样子对它们来说是幸福吗……对了，你是叫玲吧?再让我听听你的小精灵的叫声看看。
N扔出了一只马虎猫，看来是想要和玲一决胜负了。玲扔出小P应战。对手非常敏捷，但是攻击略显逊色。在小P新学会的水炮攻击下，N的小精灵倒下了。
N：就是因为一直被关在精灵球里面……小精灵才不会变成完整的存在。为了小精灵这些朋友们的幸福，不改变这个世界是不行的了!
看样子，N也是普拉兹姆团的一个狂热分子，说完这些后便离开了。
切莲：真是个奇怪的人啊……不过玲不用在意，小精灵和训练员是互相帮助才能一起进步的，好了，那我也先走了，下一个地方是SANYOUSHI市，好想快点和那里的馆主较量下啊。
说完，他们便向桑耀市出发了。
玲来到桑耀市的入口时，贝鲁又来挑战，轻松打赢后，玲便来到训练馆想挑战馆主。不过门前的老伯却说馆主德特去了学校，玲便来到学校，得知德特已经回去了，并与切莲再次战斗。
随后，玲来到梦的迹地，从一个热心的姐姐那里得到了火猴子，这真是帮了大忙……弥补了水系小P的不足。
然后，就该去挑战馆主啦!
一进道馆，一个老头子便过来给玲做了属性方面的介绍，原来这个道馆里设有一些机关，需要根据帷幕上显示的属性，踩到克制此属性的机关上才能继续前进。这些都是小儿科的知识啦，根本难不倒玲，一路来到馆主面前。
谁知馆主竟然会分身术，变成了3个人，每个人都善用水、火、草类型怪兽里面的一种。小样还看出玲最初选择的是水系，用草系的分身来与玲对战。
德特第一个扔出的是一只小狗，小P凭借着等级优势，打倒了小狗。
接着，德特准备放出柳枝猴，刚刚从大姐姐那得到的火候派上用场了，赶快换吧。虽然属性上我们有利，但是由于等级的关系打的还是很艰难。勉强赢下来了。得到了第一个徽章。
玲刚走出道馆，便被一个博士样子的人喊住了。
嗨~我叫马克摩，受荒木博士所托有个东西要给你。跟我来一下吧。听说你们要收集伊修地区所有小精灵的图鉴?走这边的楼梯吧，我的房间就在上面。来吧。
从新介绍一下，我叫马克摩，如你所见是个研究家。刚好在研究训练员的事情。和荒木博士在大学时候起就是好朋友了。能帮我去梦的迹地里面寻找一种叫梦烟的东西给我么?据说一种叫梦娜的小精灵可以制造出这种东西。还有，这是秘传技居合斩，让小精灵学会这个后就能切掉一些拦路的树了。
操控梦境的神奇宝贝
玲得到秘传技后，便再次来到梦的迹地。使用居合斩切掉拦路的树后，贝鲁来了，两人听到远处传来小精灵的叫声，便循声而去。发现了梦娜，正要追上去的时候，两个普拉兹姆团的成员来了。
???：啊，发现梦娜了!
两人把梦娜围了起来。
???：喂喂，快点把梦的烟雾放出来!
梦娜：……姆!
贝鲁：等下!!你们是谁!想干嘛!
???：你是说我们?我们是为了把小精灵们从愚蠢的人类手里解脱的普拉兹姆团!你问我们在干什么?我们在找叫梦娜和梦夏娜的小精灵，要让它们释放出一种叫做梦烟的不可思议的气体。使用这个气体就能把很多小精灵从人们手里释放了……用那种梦就可以操纵人们的心灵。
说完，一个普拉兹姆团员便开始粗暴地对待梦娜，想让它释放出梦烟。
梦娜：姆…呕……
梦娜在悲鸣着。
普拉兹姆团员：喂!快点放出梦烟来啊!
贝鲁：为了让它放出梦烟就可以随便踢它了吗!太过分了!为什么你们这样的人也能成为训练员啊!
普拉兹姆团员：我们是普拉兹姆团，所以战斗的理由很你们不一样。为了让它们获得自由!我们会用战斗来抢夺别人的小精灵来让它们获得自由!那么，你们手里的小精灵，也让我们来把他们救出来吧!
普拉兹姆团员扔出了望风鼠和粗心猫，不过哪是玲的小P的对手，轻松解决。
普拉兹姆团：……没想到我们两个都输了。但是我们一定要得到梦烟!
说完，两个人继续对梦娜进行拳打脚踢。
贝鲁：请你们快住手吧!
这时，亥切斯来了。
亥切斯对着两个普拉兹姆团员厉声说道：你们两个……在这做游戏呢?
这时，两人的背后又出现了一个亥切斯，把他们两个吓了一跳：我们普拉兹姆团是为了把小精灵从人类身边分开的!如果不能实现这个目的的话……!
说完，两个亥切斯又合成为一个，出现到了梦娜的前面。
普拉兹姆团员A：这……这是……召集伙伴的时候……进行演讲打算欺骗人们并加以操纵的亥切斯大人!
B：啊……正是那个会给予作战失败的人相应处罚的亥切斯大人……
A：不管怎么说，现在赶快道歉的话说不定还能原谅我们……
说完，两个人便跑了，而亥切斯也不见了，难道是幻影么?
这时，一只梦夏娜出现了。来到刚才那只梦娜的面前照顾起它来。
贝鲁：刚才的那是什么?那个叫亥切斯的人怎么会分身的啊。好像不是本人呢。难道是……我在做梦?而且，那个小精灵……
马克摩：哇!看你们这么久没回来就过来看看了。啊，这不是梦夏娜么?
梦夏娜：姆呀?
梦娜：姆尼。
两只小精灵叫着一起离开了。留下了一样东西。
马克摩：发生什么事了吗?
贝鲁：啊，马克摩小姐，我们看到梦娜了，不过普拉兹姆团把梦娜……然后，梦夏娜就来了，然后就像做了梦一样……普拉兹姆团就离开了。
马克摩：原来如此啊……梦夏娜是梦娜的进化型，知道同伴梦娜危险了之后，就用把梦境现实化的能力救了你们吧。啊，等下!
马克摩走到它们留下的东西面前看了看。
马克摩：啊!这个不是梦烟吗!有了这个我的研究就能完成了!你们两个等会来我家啊!
说完，马克摩就走了。
随后，贝鲁继续寻找梦娜，而玲来到了马克摩的家里。
马克摩：啦啦!多亏了你才得到了梦烟，这下就能收集很多的训练员的资料了!
马克摩便把C装置给了玲。有了这个就能与别的玩家通信了。
被夺走的龙骨化石
接着，玲继续向下个城市出发。路上又一次遇到切莲来挑战，轻松打赢后，小P也进化了!
